Zgodnie z brzmieniem art. 90 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535):
1. W stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.
2. Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem ust. 10.
3. Proporcję, o której mowa w ust. 2, ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.
4. Proporcję, o której mowa w ust. 3, określa się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej.
5. Do obrotu, o którym mowa w ust. 3, nie wlicza się obrotu uzyskanego z dostawy towarów zaliczanych do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji o których mowa w art. 87 ust. 3, używanych przez podatnika na potrzeby jego działalności.
6. Do obrotu, o którym mowa w ust. 3, nie wlicza się obrotu uzyskanego z tytułu transakcji dotyczących nieruchomości lub usług wymienionych w załączniku nr 4 do ustawy w poz. 3, w zakresie, w jakim czynności te są dokonywane sporadycznie.
7. Do obrotu uzyskanego z czynności, w stosunku do których nie przysługuje podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, wlicza się kwotę otrzymanych subwencji (dotacji) innych niż określone w art. 29 ust. 1.
8. Podatnicy, którzy w poprzednim roku podatkowym nie osiągnęli obrotu, o którym mowa w ust. 3, lub u których obrót ten w poprzednim roku podatkowym był niższy niż 30 000 zł, do obliczenia kwoty podatku naliczonego podlegającej odliczeniu od kwoty podatku należnego przyjmują proporcję wyliczoną szacunkowo, według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego, w formie protokołu.
9. Przepis ust. 8 stosuje się również, gdy podatnik uzna, że w odniesieniu do niego kwota obrotu, o której mowa w tym przepisie, byłaby niereprezentatywna.
10. W przypadku gdy proporcja określona zgodnie z ust. 2-8:
-1) przekroczyła 98% - podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2;
-2) nie przekroczyła 2% - podatnik nie ma prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2. “

Jednakże zgodnie z przepisem art. 163 ust. 1 w/w ustawy o VAT jeżeli w 2003 r. podatnik osiągnął obrót przekraczający kwotę 30 000 zł z tytułu wykonywania czynności, które zgodnie z przepisami ustawy podlegałyby opodatkowaniu lub nie podlegałyby opodatkowaniu, przy obliczaniu kwoty podatku naliczonego podlegającego odliczeniu zgodnie z art. 90 w okresach rozliczeniowych od maja do grudnia 2004 r. przyjmuje się proporcję, o której mowa w art. 90 ust. 3-8, wyliczoną na podstawie obrotów osiągniętych w 2003 r. z wykonywania tych czynności, uwzględniając zakres prawa do obniżenia kwoty podatku należnego, jaki wynika z ustawy. W przypadku gdy podatnik uzna jednak, że w odniesieniu do niego kwota osiągniętego w 2003 r. obrotu byłaby niereprezentatywna, stosuje się art. 90 ust. 9 ustawy.

Z przedstawionego w piśmie stanu faktycznego wynika, iż podatnik po 1 maja 2004r. wyliczył proporcję o której mowa w art. 90 w/w ustawy, biorąc pod uwagę obroty z roku 2003 “z wyłączeniem środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych, a także transakcji dotyczących nieruchomości w zakresie w jakim te czynności występują sporadycznie”. Tak wyliczona proporcja wyniosła 99,99% i podatnik obniżył podatek należny o całą kwotę podatku naliczonego.

Biorąc pod uwagę powyższe oraz stan faktyczny tut. organ podatkowy stwierdza, iż jeżeli obrót podatnika przekroczył w 2003 r. kwotę 30 000 zł proporcja powyższa została wyliczona prawidłowo i podatnik miał prawo obniżyć podatek należny o całą kwotę podatku naliczonego.