Z opisanego w piśmie stanu faktycznego wynika, że Spółka jest właścicielem budynku magazynowego i gruntu, na którym budynek jest posadowiony. Budynek ten wprowadziła do ewidencji środków trwałych i wydzierżawiła osobie trzeciej. W roku 2002 poniosła wydatki związane z jego ulepszeniem, dokonując ich refundacji na podstawie faktury VAT wystawionej przez dzierżawcę budynku. Pierwotnie Spółka skorzystała z prawa odliczenia podatku naliczonego, jednak po konsultacji z biegłym rewidentem powzięła wątpliwość czy wszystkie koszty adaptacji budynku powinny być opodatkowane stawką 22% z uwagi na brak „załącznika do faktury dokumentującego zwrot kosztów adaptacji obiektu ze stawką 22 %”. W związku z tym zrezygnowała z odliczenia podatku i złożyła korektę deklaracji VAT, dokonując zwrotu równowartości pierwotnie odliczonego podatku z odsetkami, a wartość początkową tego budynku zwiększyła o kwotę brutto wynikającą z faktury VAT.
Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 46 lit. a) ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (j. t. Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.) nie uważa się za koszty uzyskania przychodu podatku od towarów i usług, z tym że jest kosztem uzyskania przychodu podatek naliczony w tej części, w której zgodnie z przepisami o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy podatku od towarów i usług – jeżeli naliczony podatek od towarów i usług nie powiększa wartości środka trwałego.
Jeżeli środki trwałe uległy ulepszeniu w wyniku przebudowy, rozbudowy, rekonstrukcji, adaptacji lub modernizacji, w myśl art. 16g ust. 13 cyt. wyżej ustawy, wartość początkową tych środków, ustaloną zgodnie z ust. 1 i 3 - 11, powiększa się o sumę wydatków na ich ulepszenie, w tym także o wydatki na nabycie części składowych lub peryferyjnych, których jednostkowa cena nabycia przekracza 3.500 zł.
Z kolei stosownie do przepisów art. 16g ust. 1 pkt 1 i ust. 3 tej ustawy za wartość początkową środków trwałych uważa się w razie odpłatnego nabycia cenę ich nabycia, czyli kwotę należną zbywcy pomniejszoną o podatek od towarów i usług, z wyjątkiem przypadków, gdy zgodnie z odrębnymi przepisami podatek od towarów i usług nie stanowi podatku naliczonego albo podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty należnego podatku o podatek naliczony albo zwrot różnicy podatku w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług. Zatem analogicznie, jak w przypadku zwiększania kosztów uzyskania przychodów o podatek VAT naliczony, wartość początkową środków trwałych zwiększamy o wartość podatku VAT naliczonego wówczas, gdy podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty należnego podatku o podatek naliczony albo zwrot różnicy podatku w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług.

Wobec powyższego należy stwierdzić, iż uregulowania zawarte w powyższych przepisach należy interpretować w powiązaniu z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług, które to nadały podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę naliczonego przy nabyciu towarów i usług. Podatnikowi będzie zatem przysługiwało prawo do zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów naliczonego podatku VAT lub do zwiększenia wartości początkowej środka trwałego o wartość naliczonego podatku VAT w sytuacji, gdy ustawowo nie miał prawa do jego odliczenia, a nie w sytuacji, gdy prawo to z różnych powodów utracił. Jeżeli więc podatnik miał prawo do odliczenia naliczonego podatku od towarów i usług, ale z powodu np. uchybienia terminu, czy z innych zależnych (bądź nie) od niego przyczyn prawo to już mu nie przysługuje, naliczony podatek VAT nie jest kosztem uzyskania przychodów oraz nie powiększa wartości początkowej środka trwałego.
W świetle przywołanych przepisów prawa podatkowego oraz przedstawionego przez Spółkę stanu faktycznego należy stwierdzić, iż nie odliczony podatek od towarów i usług stosownie do cytowanych wyżej przepisów art. 16 ust. 1 pkt 46 lit. a) ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie stanowi kosztu uzyskania przychodów Spółki.
Odnośnie drugiego pytania organ podatkowy stwierdza, że zwiększenie wartości początkowej środka trwałego o kwotę brutto wynikającą z faktury VAT dotyczącej ulepszenia budynku będzie możliwe wyłącznie wtedy, gdy prawo do odliczenia podatku VAT nie przysługiwało Spółce ustawowo. W sytuacji natomiast, gdy Spółka posiadając uprawnienie do obniżenia kwoty podatku należnego z prawa tego nie skorzystała, będzie mogła zwiększyć wartość początkową środka trwałego o wartość netto przedmiotowej faktury VAT tj. bez wynikającej z tej faktury wartości naliczonego podatku od towarów i usług, który jednak, jak ustalono powyżej, nie będzie stanowił kosztu uzyskania przychodu.