Zgodnie z art. 10 ust. 1 pkt 8 ustawy z dnia 26.07.1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych w brzmieniu obowiązującym w 2004r. /Dz. U. z 2000r. Nr 14 poz. 176 ze zm./, źródłem przychodu jest odpłatne zbycie, z zastrzeżeniem ust. 2 :
a.nieruchomości lub ich części oraz udziału w nieruchomości,
b.spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu mieszkalnego lub użytkowego oraz prawa do domu jednorodzinnego w spółdzielni mieszkaniowej,
c.prawa wieczystego użytkowania gruntów,
d.innych rzeczy,
- jeżeli odpłatne zbycie nie następuje w wykonywaniu działalności gospodarczej i zostało dokonane w przypadku odpłatnego zbycia nieruchomości i praw majątkowych określonych w lit. a)-c) – przed upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym nastąpiło nabycie lub wybudowanie, a innych rzeczy – przed upływem pół roku, licząc od końca miesiąca, w którym nastąpiło nabycie; w przypadku zamiany okresy te odnoszą się do każdej z osób dokonującej zamiany.

Zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 32 w/w ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych w brzmieniu obowiązującym na 2004 roku, wolne od podatku dochodowego są przychody uzyskane ze sprzedaży nieruchomości i praw majątkowych określonych w art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. a)-c), z zastrzeżeniem ust. 2 i 2a :

a) w części wydatkowanej nie później niż w okresie dwóch lat od dnia sprzedaży :
- na nabycie na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej budynku mieszkalnego, jego części, lub udziału w takim budynku, lokalu mieszkalnego stanowiącego odrębną nieruchomość lub udziału w takim lokalu, a także na nabycie gruntu lub udziału w gruncie albo prawa wieczystego użytkowania gruntu lub udziału w takim prawie, związanych z tym budynkiem lub lokalem,
- na nabycie na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu mieszkalnego lub udziału w takim prawie, prawa do domu jednorodzinnego w spółdzielni mieszkaniowej lub udziału w takim prawie,
- na nabycie na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej gruntu lub udziału w gruncie, prawa użytkowania wieczystego gruntu w takim prawie przeznaczonych pod budowę budynku mieszkalnego, w tym również gruntu lub udziału w gruncie albo prawa wieczystego użytkowania gruntu lub udziału w takim prawie z rozpoczętą budową budynku mieszkalnego,
- na budowę, rozbudowę, nadbudowę, przebudowę, remont lub modernizację własnego budynku mieszkalnego, położonych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej,
- na rozbudowę, nadbudowę, przebudowę lub adaptację – na cele mieszkalne – własnego budynku niemieszkalnego, jego części, własnego lokalu niemieszkalnego lub własnego pomieszczenia niemieszkalnego, położonych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej

b) w całości – jeżeli sprzedaż nastąpiła w celu uzyskania, w zamian za te nieruchomości lub prawa, spółdzielczego lokatorskiego prawa do lokalu albo budynku mieszkalnego lub jego części,

c) w całości – jeżeli sprzedaż nastąpiła w wykonywaniu lub w związku z wielostronną umową o zamianie tych budynków lub praw do lokali,

d) w całości – jeżeli ich nabycie nastąpiło w drodze spadku lub darowizny,

e) w części wydatkowanej, nie później niż w okresie dwóch lat od dnia sprzedaży, na spłatę kredytu lub pożyczki, a także odsetek od kredytu lub pożyczki zaciągniętych na cele, o których mowa w lit. a), w banku lub spółdzielczej kasie oszczędnościowo – kredytowej, mających siedzibę na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, w tym również na spłatę kredytu lub pożyczki oraz odsetek od tego kredytu lub pożyczki zaciągniętych przed dniem uzyskania tych przychodów.

Zgodnie z art. 28 ust. 2a powołanej ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, zasada, o której mowa w ust. 2 (zryczałtowany podatek od przychodu w wysokości 10%) zdanie drugie, nie ma zastosowania do podatników dokonujących sprzedaży nieruchomości i praw majątkowych określonych w art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. a)-c), którzy w terminie 14 dni od dnia dokonania tej sprzedaży złożą oświadczenie, że przychód uzyskany ze sprzedaży przeznaczą na cele określone w art.. 21 ust. 1 pkt 32 lit. a) lub lit. e).

Reasumując:
jeżeli w ciągu 14 dni od daty sprzedaży mieszkania złoży Pani oświadczenie o przeznaczeniu otrzymanej kwoty w ciągu 2 lat na własne cele mieszkaniowe i w tym czasie wydatkuje Pani część kwoty na spłatę kredytu mieszkaniowego zaciągniętego w 1999r., a pozostałą część na zakup nowego mieszkaniowe - zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 32 lit. a) i e) ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych będzie Pani zwolniona z obowiązku zapłacenia zryczałtowanego podatku od sprzedaży.