Zgodnie z art. 157 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) podatnicy zarejestrowani na ostatni dzień przed dniem, o którym mowa w art. 176 pkt 2, na podstawie art. 9 ustawy wymienionej w art. 175, z wyłączeniem podatników wymienionych w art. 5 ust. 2 ustawy wymienionej w art. 175, będą uważani za podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT, z tym że podatnicy, którzy w zgłoszeniu rejestracyjnym, o którym mowa w art. 9 ust. 1 ustawy wymienionej w art. 175, zgłosili, że będą składać deklaracje podatkowe dla podatku od towarów i usług, zostaną uznani za podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT czynni, a pozostali - za podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT zwolnieni, bez konieczności potwierdzania tego faktu przez naczelnika urzędu skarbowego, z zastrzeżeniem ust. 2.
Stosownie do przepisu art. 157 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, przepisu art. 157 ust. 1 nie stosuje się w stosunku do zakładów (oddziałów) osoby prawnej, będących odrębnymi podatnikami w rozumieniu art. 5 ust. 2 ustawy wymienionej w art. 175 - ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.).
Powołany przepis art. 5 ust. 2 ww. ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym stanowi, iż za zgodą właściwego organu podatkowego podatnikami mogą być również zakłady (oddziały) osoby prawnej wykonujące czynności, o których mowa w art. 2, jeżeli samodzielnie sporządzają bilans.
Z powyższego wynika, iż podatnikiem może być tylko taki zakład (oddział) osoby prawnej, który uzyskał na to zgodę urzędu skarbowego i samodzielnie sporządza bilans. Organ podatkowy wyrażając zgodę na odrębność podatkową oddziału równocześnie wyrażą zgodę na tego rodzaju odrębność zakładu głównego, co powoduje, że zarówno oddział, jak i zakład główny stanowią odrębne podmioty w rozumieniu art. 5 ust. 2 podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.
Użyte w tym przepisie słowa „mogą”, „również” wskazują na prawną możliwość uznania za podatników podmiotów innych niż wymienione w art. 5 ust. 1 ustawy, tj. osób prawnych, jednostek organizacyjnych nie mających osobowości prawnej oraz osób fizycznych.
Natomiast jak wynika z przedstawionego przez podatnika stanu faktycznego posiada on osobowość prawną nadaną mu z mocy prawa i jako niezależna jednostka stała się podatnikiem podatku od towarów i usług.
W świetle powyższego uznać należy, iż w przedmiotowej sprawie znajduje zastosowanie regulacja zawarta w powołanym powyżej przepisie art. 157 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, na mocy której podatnik z dniem 13 kwietnia 2004 r. został uznany za podatnika zarejestrowanego jako podatnik VAT czynny.
Odnośnie powołanego w zapytaniu przepisu art. 160 ust. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, zgodnie z którym osoba prawna, której zakłady (oddziały) rozliczały się jako odrębni podatnicy, wstępuje z dniem 1 maja 2004 r. we wszystkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki swojego zakładu (oddziału), który przestał być wyodrębnionym podatnikiem – w zakresie, w jakim dotyczą podatku od towarów i usług, dotyczy sytuacji, w której wskazane oddziały (zakłady) przestają być podatnikami podatku od towarów i usług z mocy ustawy, zatem innej niż sytuacja podatnika.