Pismem z dnia 25.07.2005 r., uzupełnionym dnia 29.07.2005 r. Spółka zwróciła się z prośbą o udzielenie pisemnej interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego, przedstawiając następujący stan faktyczny:

Firma - wspólnie z Uniwersytetem w (...) oraz Wyższą Szkołą (...) - opracowała i złożyła do Urzędu Marszałkowskiego województwa Podlaskiego w ramach konkursu nr (...) wniosek o dofinansowanie projektu pn. "Podlaskie Centrum Innowacji" w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego, Działanie 2.6 "Regionalne Strategie Innowacyjne i Transfer Wiedzy". Projekt ten uzyskał dofinansowanie na podstawie umowy nr (...) zawartej pomiędzy Uniwersytetem (...) (jako Liderem projektu) a Urzędem Marszałkowskim Województwa Podlaskiego.
Zgodnie z przyjętym wnioskiem o dofinansowanie "sp z o.o. będzie przygotowywała rozwiązania informatyczne niezbędne dla prawidłowej realizacji założeń projektu (przygotowanie aplikacji bazodanowych na potrzeby projektu i serwisowanie ich, wdrożenie obiegu dokumentów pomiędzy uczestnikami projektu na płaszczyźnie regionalnej i w obszarach funkcjonalnych), będzie również uczestniczyć w akwizycji proponowanych przez PCI ofert skierowanych do sektora MSP, umożliwi też przeprowadzenie warsztatów i szkoleń dla przedsiębiorców - zwłaszcza w obszarze tematyki Społeczeństwa Informacyjnego - w oparciu o posiadaną bazę lokalową i informatyczną".
Ogólne zasady współpracy partnerskie pomiędzy firmą sp. z o.o jako Partnerem projektu a Uniwersytetem (...) jako Liderem projektu ustanawia porozumienie partnerskie z dnia (...). stanowiące załącznik do wyżej wspomnianego wniosku o dofinansowanie.

Dotacja na realizację projektu "Podlaskie Centrum Innowacji" sp. z o.o. nie ma bezpośredniego wpływu na cenę dostaw i usług świadczonych przez sp. z o.o. w ramach realizacji projektu.Środki finansowe pochodzące z dotacji zostaną przekazane na wyodrębniony rachunek bankowy.

Zgodnie z treścią punktu 1b załącznika 1 do tego porozumienia:" sp. z o.o w ramach projektu wykona następujące zadania:Wykonanie specyfikacji funkcjonalnej baz i witryny internetowej Podlaskiego Centrum Innowacji w odniesieniu do założonych w projekcie wymogów tj. baz danych zespołu ekspertów z dziedziny kluczowych technologii z punktu widzenia rozwoju regionu:
-wykonanie specyfikacji funkcjonalnej oraz projektu technicznego oprogramowania baz informacyjnych oraz witryny internetowej Podlaskiego Centrum Innowacji,
-wykonanie oprogramowania zgodnie z opracowaną dokumentacją,zainstalowanie, skonfigurowanie i uruchomienie wykonanego oprogramowania,
-serwisowanie i nadzór autorski nad dostarczonym oprogramowaniem w okresie realizacji projektu,
-akwizycja proponowanych przez PCI ofert skierowanych do sektora MSP,przeprowadzanie warsztatów i szkoleń dla przedsiębiorców,
- zasilanie baz Podlaskiego Centrum Innowacji danymi pochodzącymi z akwizycji wśród klientów instytucjonalnych firmy sp. z o.o., będących firmami innowacyjnymi,
- udostępnienie przestrzeni dyskontowej na serwerach sp z o.o."
Umowa o zasadach współpracy partnerskiej z dnia zawarta pomiędzy Uniwersytetem (...) a sp. z o.o szczegółowo reguluje m.in. zagadnienia związane z przekazywaniem i rozliczaniem dotacji pomiędzy stronami.

Spółka zwraca się z pytaniem: czy podatnikowi przysługuje prawo odliczenia podatku VAT od zakupów realizowanych ze środków dotacji na potrzeby projektu.

Spółka sformułowała też własne stanowisko w sprawie stwierdzając, iż:
Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2004 r. nr 97, poz. 970) par. 23 pkt 1 i 2 spółka ma możliwość odliczenia podatku VAT naliczonego od zakupów finansowanych z bezzwrotnej pomocy zagranicznej.

Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Białymstoku mając na uwadze stan faktyczny przedstawiony przez wnioskodawcę i stan prawny obowiązujący w dacie zaistnienia tego zdarzenia, postanawia udzielić następującej interpretacji, co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego.

Zgodnie z art. 88 ust 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535 z późn. zm.) obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego.

Natomiast art. 16 ust 1 pkt. 58 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.) stanowi, iż nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków i kosztów bezpośrednio sfinansowanych z dochodów (przychodów) otrzymanych przez podatnika jeżeli dochody te pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych, pochodzące ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym także ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe; w tym również w przypadku, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej na rzecz podmiotów, którym służyć ma ta pomoc.

W przedstawionym stanie faktycznym, Spółka będzie przygotowywała rozwiązania informatyczne niezbędne dla prawidłowej realizacji założeń projektu "Podlaskie Centrum Innowacji", a przedsięwzięcie to będzie finansowane ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej pochodzących z Europejskiego Funduszu Społecznego, a przekazanych Spółce za pośrednictwem Uniwersytetu (...) jako podmiotu upoważnionego do rozdzielania tych środków.

Przytoczony przez Spółkę § 23 pkt 1 i 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2004 r. nr 97, poz. 970) nie ma w przedstawionym stanie faktycznym zastosowania, gdyż reguluje on zasady zwrotu podatku naliczonego VAT.

Otrzymana przez Spółkę dotacja związana z realizacją projektu "Podlaskie Centrum Innowacji" wypełnia wymogi określone w art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych i w związku z tym jest dochodem, który korzysta ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych, a zatem podatek VAT naliczony związany z zakupami realizowanymi ze środków dotacji przeznaczonej na potrzeby projektu podlega odliczeniu od podatku należnego na zasadach ogólnych, zgodnie z art. 86 ustawy o VAT.