Ustawa z dnia 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Rzeczypospolitej Polskiej (Dz. U. Nr 154 poz. 29 ze zm.) określa w art. 55 ust. 1, że majątek i przychody kościelnych osób prawnych podlegają ogólnym przepisom podatkowym z wyjątkami określonymi w ust. 2-6. W ust. 2 postanowiono, że kościelne osoby prawne są zwolnione od opodatkowania z tytułu przychodów ze swojej działalności niegospodarczej i w tym zakresie osoby te nie mają obowiązku prowadzenia dokumentacji wymaganej przez przepisy o zobowiązaniach podatkowych. Natomiast, na podstawie art. 55 ust. 3 cyt. ustawy, dochody z działalności gospodarczej kościelnych osób prawnych oraz spółek, których udziałowcami są wyłącznie te osoby, są zwolnione od opodatkowania w części, w jakiej zostały przeznaczone w roku podatkowym lub w roku po nim następujacym na cele kultowe, oświatowo-wychowawcze, naukowe, kulturalne, działalność charytatywno-opiekuńczą, punkty katechetyczne, konserwację zabytków oraz na inne inwestycje sakralne, o których mowa w art. 41 ust. 2, i te inwestycje kościelne, o których mowa w art. 41 ust. 3, których przedmiotem są punkty katechetyczne i zakłady charytatywno-opiekuńcze, jak również remonty tych obiektów. Działalność gospodarcza w ujęciu ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług /Dz. U. Nr 54 poz. 535 z późn. zm./ obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub innych usługodawców, w tym również podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, jak również działalność osób wykonujących wolne zawody, również wówczas, gdy czynność została wykonana jednorazowo, w okolicznościach wskazujących na zamiar wykonywania czynności w sposób częstotliwy. Działalność gospodarcza obejmuje również czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub dóbr niematerialnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych (art. 15 ust. 2 ustawy o VAT). Takie ujęcie działalności gospodarczej wskazuje, że podatnikami VAT są podmioty zajmujące się profesjonalnie obrotem gospodarczym. Natomiast podstawową grupą podatników VAT, określoną w art. 15 ust. 1 ustawy, są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą (zdefiniowaną w cyt. wyżej ust. 2 art. 15 ustawy), bez względu na cel czy też rezultaty takiej działalności. Z kolei w art. 43 ust. 1 ustawy określono jakie czynności, w jakich okolicznościach oraz w stosunku do jakich usług i towarów objęto zwolnieniem od podatku.
W art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług wskazano, że zwalnia się od podatku usługi wymienione w załączniku Nr 4 do ustawy. W poz. 10 załącznika Nr 4 wymieniono usługi świadczone przez organizacje członkowskie, gdzie indziej niesklasyfikowane (wyłącznie statutowe) o symbolu PKWiU 91. W grupowaniu tym mieszczą się m. in. usługi świadczone przez organizacje religijne, sklasyfikowane pod symbolem 91.31.
W związku z tym działalność organizacji członkowskich będzie korzystała ze zwolnienia od podatku VAT, pod warunkiem że :
-jest to działalność wyłącznie statutowa,
-działalność ta nie jest gdzie indziej sklasyfikowana, co znaczy, że usługi świadczone przez organizacje członkowskie korzystają ze zwolnienia, gdy nie są sklasyfikowane w innej grupie PKWiU niż 91.
Sprzedaż detaliczna wyrobów farmaceutycznych, niezależnie od tego, czy jest objęta zgłoszonym zakresem działalności, stanowi działalność handlową, określoną w Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług w grupowaniu 5231, która mieści się w katalogu czynności opodatkowanych w art. 5 ust. 1 cyt. ustawy o podatku VAT. Podatnicy podatku od towarów i usług mają obowiązek prowadzić ewidencję, o której mowa w art. 109 ust. 3 cyt. ustawy o podatku od towarów i usług oraz składać deklaracje podatkowe za okresy miesięczne, zgodnie z art. 99 ustawy o VAT.
Mając powyższy stan prawny na uwadze organ podatkowy stwierdza, że obroty z tytułu prowadzonej apteki podlegają przepisom ustawy w podatku od towarów i usług, bowiem mieszczą się w katalogu czynności opodatkowanych wymienionych w art. 5 ust. 1 cyt. ustawy o podatku VAT.