Z przedstawionego we wniosku stanu faktycznego wynika, że Spółka zawarła umowę na wykonanie projektu badawczo-rozwojowego finansowanego w formie dotacji ze źródeł Unii Europejskiej. Projekt ten jest częścią programu badań i rozwoju technologicznego UE na lata 2002-2006 pod nazwą “Integracja i wzmocnienie europejskiej przestrzeni badawczej (2002-2006)”. Bezpośrednim beneficjentem oraz realizatorem celu programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy zagranicznej w ramach ww. projektu jest Spółka. Prace na rzecz ww. projektu prowadzone są od 1 września 2006r. przez niektórych pracowników Spółki.

W związku z tak przedstawionym stanem faktycznym Spółka stoi na stanowisku, że możliwe jest zastosowanie w 2006r. zwolnienia z podatku wynagrodzenia z tytułu umowy o pracę wypłacanego pracownikom uczestniczącym w pracach nad ww. projektem, zawartego w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Spółka uważa również, iż w związku z możliwościa zastosowania ww. zwolnienia, na Spółce nie ciążą obowiązki płatnika zaliczek podatku dochodowego od osób fizycznych.

Naczelnik Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego nie podziela stanowiska Spółki i wyjaśnia.

Art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych stanowi, iż wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:

a)pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz

b)podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

Środki finansowe o których mowa we wniosku bezsprzecznie należy uznać za bezzwrotną pomoc zagraniczną wymienioną w art. 21 ust. 1 pkt 46 ww. ustawy.

Warunkiem skorzystania ze zwolnienia jest bezpośrednie realizowanie celu programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Jak wynika z przedstawionego przez Spółkę stanu faktycznego projekt jest realizowany przez Spółkę - to Spółka jest odpowiedzialna za podejmowane decyzje, rozdysponowanie środków oraz w konsekwencji realizację celu programu, jak również to ona otrzymuje środki z tej pomocy. W związku z tym to Spółka jest beneficjentem pomocy i nie zmienia tego fakt, iż w ramach tej pomocy otrzymuje ona refundację części wydatków poniesionych na wypłacone wynagrodzenia. W przedmiotowej sytuacji zastosowanie ma wyłączenie z ww. zwolnienia wskazane w punkcie b, który stanowi, iż zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

Reasumując, w przedstawionym przez Spółkę stanie faktycznym brak jest podstaw do zastosowania zwolnienia zawartego w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. W związku z powyższym na Spółce z tytułu dokonywania wypłat wynagrodzenia dla pracowników będą ciążyły obowiązki płatnika określone w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych.